2009年3月底至4月中旬，一种新型病毒――甲型H1N1流感病毒在墨西哥、美国爆发，并迅速向全球扩散。经过临床与实验研究证实，有着几千年历史的中药防治甲流疗效显著。5月7日，国家中医药管理局向全国发布了《甲型H1N1流感中医药预防方案》，针对不同人群预防流感开出了详细、简便的中药药方。此后，首个抗击甲流的中药方——金花清感方问世，并进入新药的研发阶段。中药防治甲流病毒主要有两条途径：一是直接灭杀或抑制病毒；二是通过调节人体免疫功能间接抗病毒。直接抗流感病毒的多为清热解毒类中药，如金银花、板蓝根、连翘、黄芩等。通过提高机体免疫力间接抗流感病毒的有黄芪、人参等中药材。

12月11日，山东省中医药管理局发布，全省成功对近一千万居民进行了科学、规范的甲型H1N1流感中医药预防干预，人数占到全省人口总数的十分一。包括在中小学、企事业单位和机关等发放中药汤剂等。在此干预下，有关地区和单位均未发生甲流大规模流行。在临床治疗确诊、危重症患者过程中，中药更彰显出威力。在山东甲型H1N1流感医疗救治定点医院山东省胸科医院前期收治的110例甲流确诊患者中，有78例运用了中西医结合治疗，中医药参与率为70.9%。在山东省胸科医院，纯中药注射液痰热清、血必净等一批中成药和注射液对中西医结合治疗甲流重症患者，降低死亡率发挥着重要的作用。